C'est au cours de ses premiers travaux de recherche portant sur le vieillissement et son mécanisme de désorganisation qu'Henri Atlan s’intéresse à la notion d’organisation et aux facteurs d’organisation et de développement. Il développe alors une espèce de formalisme qui permet de comprendre comment se fait la création de diversité, de complexité à partir d'événements aléatoires, de perturbation sur des systèmes organisés, sous certaines conditions. Là où l'on pense alors que des perturbations aléatoires ne peuvent avoir qu’un effet négatif, de destruction de toute l'organisation, il est possible de montrer que dans certaines conditions, les facteurs de perturbation ou "bruit" peuvent favoriser l'émergence de nouvelles formes d'organisations, de formes d'auto-organisation.
Dès que le code génétique est déchiffré, ces considérations n'ont plus d'importance dans la communauté des biologistes. S'impose alors la métaphore du "programme génétique", c’est-à-dire le parallèle, par raisonnement analogique, entre la structure de l'ADN et un programme d'ordinateur.
Or, Henri Atlan affirme que les organismes vivants ne peuvent pas être réduits à la structure des gènes et remet en cause le tout-génétique. Tout n'est pas écrit dans les gènes sans pour autant dire qu'il n’y a pas de déterminisme biologique. Il existe d'autres déterminismes - mécaniques, physico-chimiques et biologiques - qui ne sont pas génétiques. Pour comprendre le fonctionnement des gènes, il faut s'intéresser à leur organisation, au sens d'une organisation complexe. D'où un renouveau de l'interrogation de recherche de techniques de modélisation pour essayer de maîtriser d'une certaine façon la bio-complexité.
Henri Atlan mentionne également la place de la philosophie dans sa réflexion scientifique, particulièrement celle de Spinoza et l'importance du spinozisme actualisé et parle des activités du Comité consultatif national d'éthique pour les sciences de la vie et de la santé.

Des millions d'années avant l'apparition de l'homme, la vie avait déjà inventé la roue, le moteur atomique, le sonar, le vol stationnaire, la capture de l'énergie solaire, l'éclairage électrique, le GPS et des myriades de techniques qui nous dépassent encore complètement : cicatrisation, reproduction, congélation suivie de réanimation, et des cerveaux dont chacun des milliards de neurones est un univers informatique. Pour le comprendre, il a fallu attendre que nos propres technologies atteignent les profondeurs moléculaires du vivant, nous révélant que les inventions de la nature étaient infiniment plus complexes que les nôtres.
"Le service Recherche et Développement de la nature a 3,8 milliards d'années d'avance sur ceux de nos entreprises", aime dire Janine Benyus, la naturaliste américaine qui a inventé le concept de biomimétisme. "Il s'agit de nous en inspirer pour pousser plus loin nos propres inventions, mais surtout pour corriger le tir de ces dernières, qui nous ont conduits dans les impasses écologiques que l on sait."
Il existe trois niveaux de biomimétisme. Le premier consiste à imiter les formes de la nature. Le second, de plus en plus prisé des industriels, repose sur l'imitation des matériaux et des processus naturels. La vraie révolution repose cependant sur le troisième niveau, qui consiste à imiter les stratégies du vivant, sa philosophie. Ce troisième niveau a des implications fascinantes. Ainsi, contrairement à l'image que nous nous faisons de la "loi de la jungle", la nature ne pratique la compétition que dans 10% des rapports entre organismes. Les 90% restants sont fondés sur la coexistence, le mutualisme, la coopération, le commensalisme, le parasitisme et la symbiose. À imiter absolument !

Comment des structures fonctionnelles aussi complexes que les virus et les réseaux de neurones émergent-elles ? Découlent-elles nécessairement d'un projet intentionnel, voire d'une volonté providentielle ? Ou bien ces ensembles complexes sont-ils capables de s'organiser eux-mêmes ? Henri Atlan tente, dans cette conférence, de répondre à cette question fondamentale.
Démontrant ici toute la richesse du concept d'auto-organisation, il fait apparaître les limites des modèles informatiques adoptés par la génétique depuis des décennies et fait émerger de nouvelles méthodes scientifiques pour modéliser le réel.
D'une redéfinition complète de la cellule à une analyse révolutionnaire des actions volontaires et à une nouvelle conception de l'unité entre le corps et l'esprit, Henri Atlan nous ouvre de nouvelles perspectives pour penser la complexité du vivant et de l'humain.

Quelle est la source de l’ordre social ? La volonté humaine préside-t-elle à sa destinée ou doit-on réfléchir autrement ? Telle est l'une des grandes problématiques de la philosophie sociale.
Jean-Pierre Dupuy défend ici l’idée que les philosophes français -depuis le XVIIIe siècle- ont été aveugles au concept d'auto-organisation du social.
Il rappelle les sources de cette incapacité française et procède à une critique de Rousseau, au travers de celle qu'en fait Benjamin Constant au XIXe siècle, pour la mettre en parallèle de la "Théorie des sentiments moraux" d'Adam Smith.
Enfin, il convoque l’analyse de Friedrich Hayek et sa mise en cause du cartésianisme et du rousseauisme de la Révolution française, du positivisme d’Auguste Comte et du Saint-Simonisme de l’Ecole Polytechnique.

Les nouvelles représentations du vivant et l’explosion des biotechnologies ont créé des problèmes éthiques radicalement nouveaux sur la légitimité de leurs applications.
Mais il existe en outre d’autres enjeux : ceux liés aux interactions difficiles bien qu’indispensables entre les trois pouvoirs de la parole : la scientifique, la politique et la médiatique.